GPAW配置

gpaw是使用python写的做第一性原理计算的包。GPAW 基于原子模拟环境 (ASE) 和投影增强波 (PAW) 方法。通过实空间均匀网格、多重网格方法和有限差分逼近 (FD)、原子中心基函数 (LCAO) 和平面波 (PW) 来实现对波函数的描述。GPAW 计算通过以 Python 编程语言编写的脚本进行控制。GPAW 依赖于处理分子动力学、分析、可视化、几何优化等的原子模拟环境 (ASE)。

ASE/GPAW 可以集成并且可以灵活地与 Python 一起使用。ASE 是一款功能非常强大的软件，能够使用 GPAW 和 PW、FD、LCAO、Exact-exchange 模式提供了极大的灵活性。并且加上使用 ASE+ASAP+OpenKIM 原子间势作为几何预优化，它与 ATK 程序所需的功能非常相似。

gpaw-tools提供可视化功能。

推荐参考：https://www.lrgresearch.org/gpaw-tools/installation/

Linux子系统安装

  1. 在桌面搜索框搜索windows功能，启用适合于Linux的windows子系统。
  2. 在桌面搜索框搜索store，搜索ubuntu，点击下载安装。
  3. 详细教程可参考https://cloud.tencent.com/developer/article/1617342

Vscode连接到Linux

插件安装

在Vscode的插件商店搜索Remote Development，一次性安装3个远程控制插件。

远程连接

  1. 在Vscode按ctrl + shift + P进入面板，输入Remote-wsl，选择New WSL Window
  2. 打开文件夹
  3. 输入文件夹名称为/，这样可以管理Linux子系统的所有文件
  4. 完成后如图所示

配置文件

打开终端

  1. 点击新建终端

  2. 配置网络，依次在终端输入

原因是自带的DNS不行，所以把解析器resolv给修改成谷歌的DNS。

sudo rm /etc/resolv.conf 
sudo bash -c 'echo "nameserver 8.8.8.8" > /etc/resolv.conf'
sudo bash -c 'echo "[network]" > /etc/wsl.conf'
sudo bash -c 'echo "generateResolvConf = false" >> /etc/wsl.conf'
sudo chattr +i /etc/resolv.conf

修改sources.list

原因是执行apt的时候用自带的总是下载不了，所以需要改用清华源。

  1. 复制清华源的链接
## 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度，如有需要可自行取消注释
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
## deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
## deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
## deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
## deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
  1. 用vim编辑
sudo vim /etc/apt/sources.list

  • 在Vim中，按gg将光标定位到行首，然后按dG删除全部。
  • 然后按a进入编辑模式，点击鼠标右键复制，然后按esc退出。
  • 按:wq保存并退出vim。
  • 在终端执行
sudo apt update

gpaw软件包安装

  1. 依次执行
sudo apt install python3-pip
sudo apt install libxc-dev
sudo apt install gfortran
sudo apt install libopenblas-dev
sudo apt install python3-tk
pip install gpaw ase
  1. 设置PATH，在终端执行
export PATH=/home/用户名/.local/bin:$PATH

把其中的用户名改为安装linux子系统时设置的用户名。如

export PATH=/home/linqy/.local/bin:$PATH
  1. 在终端执行以测试
gpaw --version