LAMMPS配置指南

LAMMPS安装

Linux系统源码编译安装LAMMPS

Build LAMMPS with CMake — LAMMPS documentation

在带有 WSL 的 Windows 10 上使用 LAMMPS — LAMMPS 文档

linux常用命令

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GPAW结构弛豫代码示例

image.png|300

Introduction to PAW — GPAW (dtu.dk)

过渡态搜索算法CI-NEB代码示例

image.png|300

NEB calculations parallelized over images — GPAW (dtu.dk)

计算资源汇总

1 代码和数据 常用单位转换:https://linqiyuan.github.io/post/unit/ Markdown转PPT:https://linqiyuan.github.io/post/markdown-to-ppt Linux学习:https://linqiyuan.gi

实验与计算数据库汇总

实验数据库

  1. https://www.re3data.org/
  2. https://datacite.org/
  3. https://share.osf.io/
  4. https://zenodo.org/
  5. https://figshare.com/search?q=batteries
  6. https://data.mendeley.com/research-data/?search=
  7. https://citrination.com/search/simple?searchMatchOption=fuzzyMatch
  8. https://odin.jrc.ec.europa.eu/odin/controller
  9. https://www.jove.com/
  10. https://www.researchgate.net/topics

Inoreader订阅RSS指南

1 Inoreader订阅 进入https://www.inoreader.com/注册账号(需要fanqiang),如果不能fan请尝试其他RSS订阅平台,直接跳到第4步。 点击新增订阅源Add new – Feed 输入感兴趣的订阅源 有些感兴趣的网站可能找不到,比如说某个课题组的官网,可以找我帮助建

解离能计算工作流和原理

1 思维导图

https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw/documentation/basic.html#manual-eigensolver

离散傅里叶变换原理和代码示例

变换原则

Windows配置GPAW指南

GPAW配置

gpaw是使用python写的做第一性原理计算的包。GPAW 基于原子模拟环境 (ASE) 和投影增强波 (PAW) 方法。通过实空间均匀网格、多重网格方法和有限差分逼近 (FD)、原子中心基函数 (LCAO) 和平面波 (PW) 来实现对波函数的描述。GPAW 计算通过以 Python 编程语言编写的脚本进行控制。GPAW 依赖于处理分子动力学、分析、可视化、几何优化等的原子模拟环境 (ASE)。

ASE/GPAW 可以集成并且可以灵活地与 Python 一起使用。ASE 是一款功能非常强大的软件,能够使用 GPAW 和 PW、FD、LCAO、Exact-exchange 模式提供了极大的灵活性。并且加上使用 ASE+ASAP+OpenKIM 原子间势作为几何预优化,它与 ATK 程序所需的功能非常相似。

gpaw-tools提供可视化功能。

推荐参考:https://www.lrgresearch.org/gpaw-tools/installation/