LAMMPS安装
Build LAMMPS with CMake — LAMMPS documentation
在带有 WSL 的 Windows 10 上使用 LAMMPS — LAMMPS 文档
安装依赖库
sudo apt install git cmake3 ccache# cmake3是一个编译器,ccache是个编译加速的包
sudo apt install openmpi-bin libfftw3-dev libjpeg-dev libpng-dev ffmpeg gzip libblas-dev liblapack-dev -y # openmpi是一个并行运算的库,libfftw3是做FFT的库,ffmpeg是做视频输出的库,libblas和liblapack是做线性代数运算的库
获取源代码
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
建立build文件夹并在其中构建
cd lammps && mkdir build && cd build
编译参数配置
这一步实际上是修改CMakeCache.txt文件,可以直接在里边修改。具体官方说明3.4-3.6。
cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=yes -D LAMMPS_EXCEPTIONS=yes -D PKG_PYTHON=yes -D PKG_KSPACE=yes -D BUILD_OMP=yes ../cmake/
## -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=<某个路径>表示指定安装目录
如果后期要用某个势,需要参考官方库(这里不讲从文献获取)→ Available Packages,然后重新修正构建参数来构建,如加上多体包:-D PKG_MANYBODY=yes
编译和安装
## 并行编译
cmake -j9 --build . # 如果你的CPU有N个核心,就用-j(N+1)
## 安装
sudo cmake --install .
设置环境变量
进入.bashrc,在最后添加上以下内容
export LAMMPS_HOME=/home/linqy/lammps
export PATH=$LAMMPS_HOME/build:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LAMMPS_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
## 官方说明是export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/.local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export OMP_NUM_THREADS=4 # 如果并行运行,则用4个线程
测试
进入bench目录,输入
lmp -in in.lj
Python配置
运行python脚本
import lammps
lmp = lammps.lammps()
如果出现问题,可能要到python文件夹,运行
sudo python3 setup.py install
如果要并行运算,需要mpi4py
pip install --user mpi4py